董卓被顶撞得无言以对，气得罢会。后来董卓还想寻找机会杀害卢植，但被蔡邕、彭伯（或作：彭伯群）劝阻，卢植则弃官逃亡。九月一日，尚书丁宫在崇德前殿主持废立仪式，太傅袁隗将刘辩扶下御座，解除玉玺印绶并转交给刘协，然后扶刘协正式登基，是为献帝。紧接着，董卓让尚书宣读策文，并弹劾何太后害死董太后的罪责，将其迁入永安宫。九月三日，何太后被毒杀身亡。董卓不允许朝廷为何太后举办丧礼，而是让刘协到雒阳城内奉常亭表示哀悼，公卿大臣们穿白衣上朝三天。
九月十二日，朝廷遥封远在幽州的幽州牧兼太尉刘虞为大司马（上公之位），董卓由司空改任太尉，兼领前将军，加节，赐斧钺、虎贲，更封郿侯。 [25]
董卓像 [26]九月末，董卓与司徒黄琬、司空杨彪一同携带鈇锧到朝堂上书，要求为建宁元年（168年）九月政变时，被政治定性（诬陷）为叛贼的陈蕃、窦武以及次年（169年）在“第二次党锢之祸”中被捕遇害的众多党人平反。刘协（袁隗）准奏，恢复陈蕃等人的爵位，并提拔他们的子孙为官。