万历皇帝对这样的结果显然是很不满意的。此番从全国抽调精兵良将，他还拨了内帑银十万两助饷，却是损兵折将无功而返，不消说以后还要花费大量辽饷。已经有御史反对全国田亩加派辽饷，又要求拨内帑，这让多病的老皇帝很气恼——
四月初三，辽东巡按陈王庭上疏弹劾刘綖杀良冒功。刘綖上回报称斩获建奴五千余首级并击毙叛将李永芳，其实这五千多首级有不少是从赫图阿拉逃出来的汉民。刘綖部下为争军功，不分青红皂白一律杀死，李永芳也非刘綖所杀，而是死于建奴内乱。
万历皇帝大怒，命兵部和都察院审察杨镐和刘綖，兵部拟将杨镐和刘綖召回京城问罪，以熊廷弼代替杨镐，熊廷弼十年前曾巡按辽东，在辽数年，核军实、杜馈遗，便得辽东风纪大振，而且熊廷弼是湖北江夏人，属于楚党，吏部文选司郎中王大智力荐熊廷弼代替杨镐，但内阁首辅方从哲竭力为杨镐转圜，说辽东局势未稳，援辽将士去留未定，离乱的辽民要安置，还须杨镐主持大局——
次辅吴道南也上疏恳请不要更换杨镐，万历皇帝这才下旨让杨镐继续经略辽东，同时免去杨镐左佥都御史的兼职，刘綖则下狱问罪。
因为杨镐去留之事，方从哲与楚党生了嫌隙，又因兵科给事中赵兴邦与周永春的矛盾，齐党也没有以前那么团结，自去年京察尽逐东林官员之后，没有了共同的政敌，三党之间的矛盾纷争也开始显现。
……
四月二十一，已率军退回宽甸的刘綖得到锦衣卫赴辽东拿他入京问罪的消息，不堪受辱，效李广自尽而死。
辽东大会战无功而返，从各地抽调的援辽将士大部分要返回原驻地，东路军由四川、山东和南京的军队组成，刘綖死后，川军由副总兵江万化率领返回四川，其余山东、南京的兵马也陆续返回原驻地，至于朝鲜军队，万历皇帝特遣使者至宽甸对阵亡的朝鲜将士予以抚恤，朝鲜军队于五月初渡鸭绿江归国，徐光启到义州迎接慰问；
杜松从延绥带来的六千步骑伤亡近三千，余众留驻沈阳，重筑抚顺关，杜松取代李如柏任辽东总兵，李如柏之弟李如桢任副总兵，这是朝廷为安抚李氏家族作出的任命，李成梁虽已去世，其子侄家丁在辽东依旧有很大势力；
清河路韩原善所部大都是从辽阳、叆阳、广宁调集的军队，现在都归杜松统领，各归本镇驻守，加强战备，以防建奴再来劫掠——
万历四十六年的这次辽东大战明朝军队共计死亡一万九千余人、重伤一万四千人，而斩
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